home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ The Arsenal Files 6 / The Arsenal Files 6 (Arsenal Computer).ISO / health / med9605a.zip / M9650169.TXT < prev    next >
Text File  |  1996-03-09  |  2KB  |  39 lines
  1.        Document 0169
  2.  DOCN  M9650169
  3.  TI    Stereochemical analysis of the antigenic tip of the V3 loop peptide of
  4.        HIV-1 gp120.
  5.  DT    9605
  6.  AU    Gunasekaran K; Ramakrishnan C; Balaram P; Molecular Biophysics Unit,
  7.        Indian Institute of Science,; Bangalore, India.
  8.  SO    Int J Pept Protein Res. 1995 Nov;46(5):359-65. Unique Identifier :
  9.        AIDSLINE MED/96139684
  10.  AB    A novel multiple turn conformation has been observed for a segment
  11.        GPGRAFY in the crystal structure of a complex of HIV-1 gp120 V3 loop
  12.        peptide with the Fab fragment of a neutralizing antibody [Ghiara et al.
  13.        (1994) Science 264, 82-85]. A structural motif has been defined for the
  14.        peptide segment, employing idealized backbone conformations
  15.        characterized by ranges of virtual C alpha torsion angles and bond
  16.        angles. A search of 122 high-resolution protein crystal structures has
  17.        permitted identification of 24 examples of similar structural motifs.
  18.        Two major conformational families have been identified, which differ
  19.        primarily in the conformation at residue 3. The observed conformation at
  20.        residue 3 in family 1 is left-handed helical (alpha L) and that in
  21.        family 2 is right-handed helical (alpha R). Of the 10 examples in family
  22.        1, 9 examples have Gly residues at position 3. Of the 12 examples in
  23.        family 2, 7 examples have Asn/Asp at position 3. Computer modeling of
  24.        the V3 loop tip sequence using the two backbone conformational families
  25.        as starting points leads to minimum-energy conformations in which
  26.        antigenically important side-chains occupy similar spatial arrangements.
  27.        This stereochemical analysis of the V3 loop tip sequence suggests a
  28.        rational basis for the design of synthetic analog peptides for use as
  29.        viral antagonists or synthetic antigens.
  30.  DE    Amino Acid Sequence  Antigens, Viral/*CHEMISTRY  Crystallization
  31.        Hydrogen Bonding  HIV Envelope Protein gp120/*CHEMISTRY
  32.        HIV-1/*CHEMISTRY  Models, Molecular  Molecular Sequence Data  *Protein
  33.        Conformation  Protein Structure, Secondary  Support, Non-U.S. Gov't
  34.        JOURNAL ARTICLE
  35.  
  36.        SOURCE: National Library of Medicine.  NOTICE: This material may be
  37.        protected by Copyright Law (Title 17, U.S.Code).
  38.  
  39.